疫苗不同于一般藥品，直接關系公共安全。有常委會組成人員、地方和公眾提出，應加大對違法行為的懲處力度，提高違法成本。二審稿作出修改，對生產、銷售假劣疫苗、申請疫苗注冊提供虛假數據以及違反藥品相關質量管理規范等違法行為，提高罰款額度。
二審稿顯示，生產、銷售的疫苗屬于假藥的，罰款標準為違法生產、銷售疫苗貨值金額15倍以上30倍以下的罰款；貨值金額五十萬元以上不足一百萬元的，并處500萬元以上3000萬元以下的罰款。
二審稿還完善了懲罰性賠償的規定，明確明知疫苗存在質量問題仍然銷售、接種，造成受種者死亡或者健康嚴重損害的，受種者或者其近親屬除要求賠償損失外，還可以要求相應的懲罰性賠償。
對過期疫苗說不，接種嚴格執行“三查七對”
針對一些地方在預防接種環節發生的疫苗過期、掉包等事件，二審稿也作出回應，進一步加強預防接種管理，規范預防接種行為，明確將“三查七對”要求和接種信息可追溯、可查詢寫入法律草案。
“三查七對”，是指醫療衛生人員在實施接種前，應當按照預防接種工作規范的要求，檢查受種者健康狀況和接種禁忌，查對預防接種證(卡)，檢查疫苗、注射器的外觀、批號、有效期，核對受種者的姓名、年齡和疫苗的品名、規格、劑量、接種部位、接種途徑，做到受種者、預防接種證(卡)和疫苗信息相一致，確認無誤后方可實施接種。
確保接種信息可追溯、可查詢，要求醫療衛生人員完整、準確記錄接種疫苗的“品種、上市許可持有人、最小包裝單位的識別信息、有效期、接種時間、實施接種的醫療衛生人員、受種者”等信息。接種記錄保存時間不得少于五年。
